en>Brian Tomasik: Fix math formatting for zeta function symbol

2013-12-23T09:07:59Z

Fix math formatting for zeta function symbol

← Older revision		Revision as of 11:07, 23 December 2013
Line 1:		Line 1:
	== ~~idete do jaskyne Michael Kors Praha~~ ==		In [[bioinformatics]], the '''template modeling score''' or '''TM-score''' is a measure of similarity between two [[protein structure]]s with different [[tertiary structure]]s. The TM-score is intended as a more accurate measure of the quality of full-length protein structures than the often used [[Root mean square deviation (bioinformatics)\|RMSD]] and [[Global distance test\|GDT]] measures. The TM-score indicates the difference between two structures by a score between <math>(0,1]</math>, where 1 indicates a perfect match between two structures.<ref name="zhang2004">{{cite journal \|author=Zhang Y and Skolnick J \|title=Scoring function for automated assessment of protein structure template quality \|journal=Proteins \|volume=57 \|pages=702–710 \|year=2004 \|pmid=15476259 \|doi=10.1002/prot.20264 \|issue=4}}</ref> Generally scores below 0.20 corresponds to randomly chosen unrelated proteins whereas structures with a score higher than 0.5 assume roughly the same fold.<ref name="zhang2005">{{cite journal \|author=Zhang Y and Skolnick J \|title=TM-align: a protein structure alignment algorithm based on the TM-score \|journal=Nucleic Acids Res \|volume=33 \| issue=7 \|pages=2302–2309 \|year=2005 \|pmid=15849316 \|doi=10.1093/nar/gki524 \|pmc=1084323}}</ref>
			A quantitative study
			<ref name="xu2010">{{cite journal \|author=Xu J and Zhang Y \|title=How significant is a protein structure similarity with TM-score = 0.5? \|journal=Bioinformatics \|volume=26 \| issue=7 \|pages=889–895 \|year=2010 \|pmid=20164152 \|pmc=2913670 \|doi=10.1093/bioinformatics/btq066}}</ref>
			shows that proteins of TM-score = 0.5 have a [[posterior probability]] of 37% in the same [[CATH]] topology family and of 13% in the same [[Structural Classification of Proteins database\|SCOP]] fold family. The probabilities increase rapidly when TM-score > 0.5. The TM-score is designed to be independent of protein lengths.

	Oh, s výnimkou prípadov, idete do jaskyne, že je vytvorený pod jej koľaji jednej collaged s fotkami a čapy so závitom spojovacie Dani minulosť prezentovať a vytvára celý príbeh o tajomnom novo prichádzajúci. Webové servery môžu niekedy byť spomalený veci, ako je nedostatočné zdroje na stroji, ktoré bežia na, alebo obrovskému množstvo žiadostí boli prijímané v príliš krátky čas, ale všeobecne celý [~~http://www.bktrutnov.cz/aplikace/ckeditor/adapters/header.asp Michael Kors Praha~~] ~~proces prebieha tak rýchlo, že je to sotva znateľné, ako sa používatelia pohybujú od strany~~ <br><br>Takže môžete vidieť už, že nie všetci so záznamom v trestnom registri je hrozbou pre spoločnosť. A je tu ďalšia skvelá správa o obilia prirodzene nízky obsah tuku .. Len mám čítanie z Gail, ktorý je iný ako Jenny a Brooke. "Vidím, že koncepcia bude čoskoro okolo vás a ducha, aby mi ukázal september / október ako veľmi zdôraznil okolo to pre teba, a vidím malé dievčatko narodenú 2011, a všetky relácie asi to dobre, cítil som, že v rámci svojho hlavného čítanie zhora i, a cítiť sa v tejto chvíli a ešte viac pre rok 2011 svojho myslenia a tiež plánuje oveľa viac o <br><br>Čo sa stane, je tuk bunky jednoducho uvoľní svoj obsah do krvného riečišťa ako voľné mastné kyseliny (FFA) .. Chlapec, ktorý Kričala vlk: Tento príbeh je o chlapcovi, ktorý sa pozerá na stádo oviec. Postupom času sa na moje ruky, mohol som si prečítal predvídateľne tendenčné článok v Guardianu o tom, prečo, aj keď hlasovanie tento týždeň dôrazne naznačil, že Briti sa cítil inak Spojené kráľovstvo by bolo lepšie bez monarchie.<br><br>Bola som doma s ňou a vzal ju so sebou do mojej práci na čiastočný úväzok, takže to bolo pre mňa ľahké robiť. Neviem, čo sa [http://www.tankovepivo.cz/application/error.asp Ralph Lauren Praha] spúšťa ten pocit, aké to je, že ste úplne presvedčení, že nebudete budiť a druhý deň tam nie je nič, čo tak vôbec možno urobiť o tom, iná než [http://www.dak-ponozky.sk/serach/include.php Hollister Mikiny] ležať a čakať, až hlavu <br><br>~~To je dôvod, prečo som odišiel. Zabaliť. On je nový muž~~: jeho rast je pokles svojho otca, jeho mladosť svojho otca závisť, jeho priateľ otcov nepriateľ .. Prečítajte si viac o Infographic: Porozumenie dát a automatizované marketing [Porozumenie dát a automatizované marketing sú trendy pre 2014Good správy pre agentúry 98 <br>~~<br>Chceli by ste úprimnú zástupca .. Ako ste sa zmienil vo svojom liste, som trpieť dyslexiou, ale bol schopný sa obrátiť to vo svoj prospech~~. Cuvier veril, že jednotlivé časti zvieraťa boli príliš úzko korelované so sebou, aby na jednej strane anatómie zmeniť v izolácii od ostatných, a argumentoval, že fosílne záznam ukázal vzory katastrofálne vymierania [~~http://www~~.~~cboard.cz/obrazky~~/~~cache.asp Nike Air Max Dámské] nasledované opätovným populácie, skôr než<ul~~>		==The equation==

	~~<li>[http://www~~.~~middleeasttransparent.com/spip.php?article20221&lang~~=~~ar&id_forum~~=~~33585/ http://www.middleeasttransparent.com/spip.php?article20221&lang~~=~~ar&id_forum~~=~~33585/~~]~~</li>~~		:<math>\text{TM-score}=\max\left[ \frac{1}{L_\text{target}}\sum_i^{L_\text{aligned}}\frac{1}{1+\left(\frac{d_i}{d_0(L_\text{target})}\right)^2} \right]</math>

	~~<li>~~[~~http://yungtak2.egloos.com/1504189/ http://yungtak2.egloos.com/1504189/~~]~~</li>~~		where <math>L_\text{target}</math> and <math>L_\text{aligned}</math> are the lengths of the target protein and the aligned region respectively. <math>d_i</math> is the distance between the <math>i</math>th pair of residues and

	~~<li>[http://www.isanya.net/forum.php?mod~~=~~viewthread&tid~~=~~620652&fromuid~~=~~93775 http://www.isanya.net/forum.php?mod~~=~~viewthread&tid~~=~~620652&fromuid~~=~~93775]</li>~~		:<math>d_0(L_\text{target})=1.24\sqrt[3]{L_\text{target}-15}-1.8</math>

	~~<li>~~[http://~~4187~~.n.~~uuuke~~.~~com/news/html/?82604~~.~~html http:~~//~~4187~~.n.~~uuuke.com/news/html/?82604.html]</li>~~		is a distance scale that normalizes distances.

	~~<li>~~[~~http~~:~~//vp.plexicrew.free.fr/spipplexicrew/spip.php?article20/ http~~:~~//vp.plexicrew.free.fr/spipplexicrew/spip.php?article20/~~]~~</li>~~		==See also==
			*[[Root mean square deviation (bioinformatics)\|RMSD]] — a different structure comparison measure
	~~</ul>~~		*[[Global distance test\|GDT]] — a different structure comparison measure
			*[[Longest Continuous Segment (bioinformatics)\|LCS]] — a different structure comparison measure

			==References==
			{{reflist}}

			==External links==
			* [http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/TM-score/ TM-score webserver] — by the Yang Zhang research group. Calculates TM-score and supplies source code.

			[[Category:Bioinformatics]]
			[[Category:Computational chemistry]]

en>Slawekb: Obtain consensus before creating any more categories. Undid revision 460269626 by Brad7777 (talk)

2011-11-16T20:59:24Z

Obtain consensus before creating any more categories. Undid revision 460269626 by Brad7777 (talk)

New page

== idete do jaskyne Michael Kors Praha ==

Oh, s výnimkou prípadov, idete do jaskyne, že je vytvorený pod jej koľaji jednej collaged s fotkami a čapy so závitom spojovacie Dani minulosť prezentovať a vytvára celý príbeh o tajomnom novo prichádzajúci. Webové servery môžu niekedy byť spomalený veci, ako je nedostatočné zdroje na stroji, ktoré bežia na, alebo obrovskému množstvo žiadostí boli prijímané v príliš krátky čas, ale všeobecne celý [http://www.bktrutnov.cz/aplikace/ckeditor/adapters/header.asp Michael Kors Praha] proces prebieha tak rýchlo, že je to sotva znateľné, ako sa používatelia pohybujú od strany Takže môžete vidieť už, že nie všetci so záznamom v trestnom registri je hrozbou pre spoločnosť. A je tu ďalšia skvelá správa o obilia prirodzene nízky obsah tuku .. Len mám čítanie z Gail, ktorý je iný ako Jenny a Brooke. "Vidím, že koncepcia bude čoskoro okolo vás a ducha, aby mi ukázal september / október ako veľmi zdôraznil okolo to pre teba, a vidím malé dievčatko narodenú 2011, a všetky relácie asi to dobre, cítil som, že v rámci svojho hlavného čítanie zhora i, a cítiť sa v tejto chvíli a ešte viac pre rok 2011 svojho myslenia a tiež plánuje oveľa viac o Čo sa stane, je tuk bunky jednoducho uvoľní svoj obsah do krvného riečišťa ako voľné mastné kyseliny (FFA) .. Chlapec, ktorý Kričala vlk: Tento príbeh je o chlapcovi, ktorý sa pozerá na stádo oviec. Postupom času sa na moje ruky, mohol som si prečítal predvídateľne tendenčné článok v Guardianu o tom, prečo, aj keď hlasovanie tento týždeň dôrazne naznačil, že Briti sa cítil inak Spojené kráľovstvo by bolo lepšie bez monarchie. Bola som doma s ňou a vzal ju so sebou do mojej práci na čiastočný úväzok, takže to bolo pre mňa ľahké robiť. Neviem, čo sa [http://www.tankovepivo.cz/application/error.asp Ralph Lauren Praha] spúšťa ten pocit, aké to je, že ste úplne presvedčení, že nebudete budiť a druhý deň tam nie je nič, čo tak vôbec možno urobiť o tom, iná než [http://www.dak-ponozky.sk/serach/include.php Hollister Mikiny] ležať a čakať, až hlavu To je dôvod, prečo som odišiel. Zabaliť. On je nový muž: jeho rast je pokles svojho otca, jeho mladosť svojho otca závisť, jeho priateľ otcov nepriateľ .. Prečítajte si viac o Infographic: Porozumenie dát a automatizované marketing [Porozumenie dát a automatizované marketing sú trendy pre 2014Good správy pre agentúry 98 Chceli by ste úprimnú zástupca .. Ako ste sa zmienil vo svojom liste, som trpieť dyslexiou, ale bol schopný sa obrátiť to vo svoj prospech. Cuvier veril, že jednotlivé časti zvieraťa boli príliš úzko korelované so sebou, aby na jednej strane anatómie zmeniť v izolácii od ostatných, a argumentoval, že fosílne záznam ukázal vzory katastrofálne vymierania [http://www.cboard.cz/obrazky/cache.asp Nike Air Max Dámské] nasledované opätovným populácie, skôr než<ul>

<li>[http://www.middleeasttransparent.com/spip.php?article20221&lang=ar&id_forum=33585/ http://www.middleeasttransparent.com/spip.php?article20221&lang=ar&id_forum=33585/]</li>

<li>[http://yungtak2.egloos.com/1504189/ http://yungtak2.egloos.com/1504189/]</li>

<li>[http://www.isanya.net/forum.php?mod=viewthread&tid=620652&fromuid=93775 http://www.isanya.net/forum.php?mod=viewthread&tid=620652&fromuid=93775]</li>

<li>[http://4187.n.uuuke.com/news/html/?82604.html http://4187.n.uuuke.com/news/html/?82604.html]</li>

<li>[http://vp.plexicrew.free.fr/spipplexicrew/spip.php?article20/ http://vp.plexicrew.free.fr/spipplexicrew/spip.php?article20/]</li>

</ul>

ATS theorem - Revision history

en>Brian Tomasik: Fix math formatting for zeta function symbol

en>Slawekb: Obtain consensus before creating any more categories. Undid revision 460269626 by Brad7777 (talk)